МАГИСТЕРСКАЯ ПРОГРАММА
«БИОМЕДИЦИНСКАЯ ТЕХНОЛОГИЯ»
КАФЕДРА БИОИНФОРМАТИКИ И СИСТЕМНОЙ БИОЛОГИИ
Заведующий кафедрой
Макеев Всеволод Юрьевич, д.ф.-м.н.

Базовая организация
ИОГен РАН
О кафедре
Кафедра проводит обучение студентов бакалавриата и магистратуры ФБМФ, теоретической системной биологии и биоинформатике, методам анализа экспериментальных генетических данных, в том числе общегеномных.

Кафедра была открыта в 2012 году для подготовки специалистов в области теоретической системной биологии и биоинформатики, критически важной дисциплины для развития постгеномной фармацевтики и медицины совеместно с Технологическим университетом Джорджии.
Курирует сотрудничество с американским университетом регент-профессор Марк Юрьевич Бородовский, директор Центра биоинформатики в Georgia Tech
Учебные курсы
Проблемы биоинформатики/ОМИКСы
• Языки программирования Perl и MySQL, а также основы работы в операционной системе UNIX;
• Основные биоинформатические базы данных;
• Базовые алгоритмы и форматы данных биоинформатики
Дополнительные главы биостатистики
• Структура биологических данных и описательные статистики. Организация файлов и управление данными в программах EXCEL, SPSS и STATISTICA. Параметрические и непараметрические критерии сравнения. Дисперсионный анализ.
• Анализ сопряженности признаков
• Статистика биомаркеров. Оценки чувствительности и специфичности теста.
• Многомерные методы статистического анализа.
• Байесовская статистика
Дополнительные главы биоинформатики
• Применение BLAST
• Алгоритмы динамического программирования
• Быстрый поиск подстроки в строке
• Индекс и преобразование Барроуза-Уиллера
• Методы функциональной аннотации генома
• Мотивы в геномах
• Основные структуры данных: хэш-таблица, суффиксное дерево, суффиксный массив
• Оценка параметров скрытой цепи Маркова, роль динамического программирования и байесовского оценивания.
• Приложения алгоритмов динамического программирования
Введение в метагеномику
• Микробиота (микробиом) человека. Функции в норме и при патологии
• Пробиотики — применение, механизмы действия, перспективы использования
• Постгеномные технологии (-омики), используемые при изучении микробиоты (микробиома) человека
• Функциональные биомаркеры (гены) для диагностики и метагеномного анализа
• Биомишени и механизмы действия систем токсин-антитоксин II типа
• Сравнительная геномика бактерий микробиоты кишечника человека
Геногеография
• Теоретические основы динамики генофондо и их практическое проявление на примерах реальных генофондов;
• Методы анализа структуры генофонда;
• Основные закономерности в структуре мирового генофонда;
• Достижения и перспективы исследования древней ДНК;
• Взаимосвязь генетической, лингвистической и антропологической изменчивости
Вычислительные методы в системной биологии
• Базы данных GEO и ArrayExpress, содержащие информацию о геноме человека;
• Инструменты для анализа и визуализации сетей и графов: пакеты программ Gephi, NetworkX;
• Программы для представления и расчета данных в Матлаб, Python;
• Различные форматы данных;
• Методы получения и обработки данных с ДНК-микрочипов
Анализ данных высокопроизводительного секвенирования
• Технологии высокопроизводительного секвенирования
• Основы работы с командной строкой Linux
• Предобработка результатов секвенирования
• Cборка геномов и транскриптомов de novo
• Аннотация геномных последовательностей
• Ресеквенирование
• RNA-seq, метагеномика
• ChIP-seq. Взаимодействие ДНК и белка
Поступление

Конкурсные группы ФБМФ Биоинженерия и биоинформатика

Направления подготовки и количество мест

Программа вступительных испытаний

Подать заявление
Контакты
Голенкова Анна Николаевна
+7(925)049-94-34
golenkova.mipt@gmail.com
Адрес
Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова,
119991, г. Москва,
ул. Губкина, 3
Физтех-школа биологической и медицинской физики
Приемная комиссия
Made on
Tilda